En 2009, a pesar de los rentables resultados en taquilla, la franquicia mutante palidecía por las malas críticas recibidas por X-Men La Decisión Final y el Spin-off de Lobezno. Pero el panorama cinematográfico se encontraba en plena ebullición con la llegada de Marvel Studios a la partida con una propuesta que revolucionaria el género de los superheroes. Fox tenía que replantearse su formula mutante pero sí algo tenía claro es que querían seguir sacando beneficios de la franquicia. Marvel estaba interesada en recuperar los derechos de los personajes, y para no perderlos por desuso, el contrato firmado obligaba a Fox a seguir realizando películas.
La principal idea de Fox para continuar la franquicia mutante era realizar los llamados X-Men Origins, ya habíamos visto el primer film de Lobezno, se habían iniciado las negociaciones para el film de Magneto y sobre la mesa había también un proyecto de precuela que adaptaría el cómic First Class para contar los primeros días de los X-Men. Ian McKellen, había comentado públicamente que iba a participar en el nuevo film de Magneto utilizando la técnica de digital lifting para rejuvenecer al personaje. Fox contrató a Sheldon Turner como guionista y David S. Goyer como director. La historia se centraría entre los años 40 y 50, con un joven Magneto sobreviviendo a Auswitch y dando caza a criminales nazis. El proyecto quedó congelado tras el frío recibimiento de Lobezno. Se retomó el proyecto de X-Men First Class bajo la premisa que ideó la productora Lauren Shuler Donner, bastante alejada al cómic original para evitar un tono adolescente. El principal guionista del proyecto Josh Schwartz, fue descartado con el regreso de Bryan Singer a la franquicia. Singer se encontraba en una situación algo delicada tras el fracaso de Superman Returns y el recibimiento frío de su Valkiria con Tom Cruise. Singer regresó muy motivado al proyecto, escribiendo él mismo gran parte de la historia centrándola en la relación entre unos jóvenes Xavier y Magneto además de introducir un gran número de nuevos mutantes. Singer, aunque no lo haya reconocido, recogió algunas de las ideas que se habían presentado en el guión de Magneto, centrando la historia en los años 60, pero incluyendo la parte en que Magneto caza criminales nazis. Por esto, el Sindicato de Guionistas de Hollywood, obligó a Fox a acreditar a Sheldon Turner como guionista de la historia. Para ayudar a Singer a escribir su nueva visión Fox contrató a Edward Miller y a Zack Stentz para reescribir todo el trabajo anterior. Sin embargo en 2010, Bryan Singer tuvo que abandonar el proyecto porque estaba atado con Warner para realizar Jack y El Caza Gigantes, aunque permaneció acreditado como productor. Uno de los candidatos a suplir a Singer en la dirección era Matthew Vaughn, que había llamado la atención con su gamberra Kick-Ass. Vaughn pensó que se trataba de una broma tras haber dejado tirado al estudio durante la preproducción de X-Men La Decisión Final. Sin embargo cuando Vaughn vio que el guión estaría basado en los años 60 y que tendría la oportunidad de reiniciar la saga mutante a su manera se decidió a firmar el contrato. Matthew Vaughn decidió que su X-Men Primera Generación bebiera del cine de espías de James Bond y del thriller político de John Frankenheimer (El Hombre de Alcatraz, El Mensajero del Miedo). Vaughn reescribió de nuevo el guión junto con su compañera, Jane Goldman, para construir un nuevo film que se pudiera mantener independiente al resto de la saga.
Toda una revolución que vino acompañada también de una apuesta del estudio por renovar todo el casting con una nueva generación de actores muy prometedores. Cómo protagonistas tendríamos a James McAvoy como Xavier y Michael Fassbender como Magneto. Cómo villanos tendríamos al Club Fuego Infernal con Kevin Bacon como Sebastian Law a la cabeza, pero contando también con la inestimable presencia de January Jones como Emma Frost. También contaríamos con Jennifer Lawrence como la nueva Mistica, Rose Byrne como Moira MacTaggert además de una nueva Patrulla X formada por Nicholas Hoult como la Bestia, Caleb Landry Jones como Banshee, Edi Gathegi como Darwin, Lucas Till como Kaos y Zoë Kravitz como Angel Salvadore. Un equipo que no guardaba ningún parecido al cómic original y que hizo saltar las alarmas entre los seguidores de los cómics mutantes.
Por suerte, X-Men Primera Generación supuso todo un acierto. Matthew Vaughn le impuso una nueva estética y ritmo a la película que la llenó de elegancia sin abandonar la épica que requiere el cine de superhéroes. Nos encontramos con un film de los X-Men que no se recuerda en nada al resto de la saga, no solamente por planteamiento estético, sino también narrativo y de profundidad de personajes. El film está principalmente centrado en la relación entre los jóvenes Xavier y Erik Lensherr antes de convertirse ambos en el Profesor Xavier y en Magneto. Xavier es un joven estudiante que esta a punto de graduarse en Oxford con una tesis sobre la mutación, junto a él se encuentra su hermana adoptiva Mistica con la que comparte el hecho de ser mutante. Erik Lensherr por su parte es un superviviente del holocausto nazi dedicado a perseguir y matar con su habilidad mutante a los criminales nazis escondidos por el mundo. Su principal objetivo es además el hombre que mató a su madre, el científico mutante Dr. Klaus Schmidt, ahora conocido como Sebastian Shaw, líder de un grupo masónico llamado El Club Fuego Infernal compuesto por peligrosos mutantes que buscan provocar la tercera guerra mundial. Moira McTaggert es una agente de la CIA que persigue dicha organización y requiere de los conocimientos de Xavier sobre los mutantes para hacer frente a dicha amenaza. Ambos encontraran a Shaw justo cuando está siendo atacado por un aún torpe en el uso de sus poderes Lensherr. Tras salvarle de ser ahogado, Xavier y Erik deciden buscar y reclutar a jóvenes mutantes dónde enseñarles en el uso de sus poderes primero bajo la subvención de la CIA y más adelante en su propia en Mansión creando así la Escuela Xavier para Jóvenes Talentos. Sebastian Shaw por su parte está forzando a la URSS para atacar con misiles nucleares a los Estados Unidos desde las bases en Cuba, creando la histórica crisis de los misiles de 1962. La recién formada Patrulla X se enfrentará al Club Fuego Infernal en la bahía de Cuba revelando las verdaderas intenciones de Magneto sobre asesinar a Sebastian Shaw y comenzar una era dónde reine la supremacia mutante. En el enfrentamiento final Xavier quedará además herido en la columna vertebral por una bala rechazada con los poderes de Magneto. En las escenas finales veremos como Xavier continua con su intención de continuar con la escuela, mientras Magneto comienza a formar su Hermandad de Mutantes Diabólicos.
El film es bastante poco fiel a la historia original, variando a su gusto muchos elementos reconocibles en los cómics. La relación Xavier-Magneto si corresponde a la escrita en el medio original, pero en los cómics nunca crearon juntos a la Patrulla X. Moira MacTaggert es una científica no una agente de la CIA. Xavier y Mística apenas tienen una relación directa en los cómics. La Patrulla X original dista mucho de la presentada en X-Men Primera Generación. Y el casco de Magneto, que aquí lo porta principalmente Sebastian Shaw hasta que se lo arrebata el propio Magneto, nunca fue una defensa para protegerse de los poderes telepáticos a su portador. Pero aún así la película funciona como ninguna otra película mutante. Y todas las licencias narrativas que se toman, están justificadas por lo bien que funcionan en su conjunto. El ritmo desenfadado de los años 60 y de las películas de James Bond inspira mucha vitalidad a la película, así como la profundidad que aporta el trasfondo político histórico. La película funciona perfectamente independiente al resto de la saga, y de hecho presenta algunas incompatibilidades como el personaje de Emma Frost que ya había aparecido en el film de X-Men Orígenes: Lobezno, o el propio personaje de Moira Mactaggert.
La película contó además con un presupuesto mucho menor al de X-Men La Decisión Final y aún así recaudó más de 360 millones en todo el mundo. La película funcionó de menos a más, teniendo un recibimiento tímido, pero que a medida de que el boca a boca iba funcionando, la gente empezó a confiar en la película. La crítica también acompañó al éxito de X-Men Primera Generación que revitalizaba la franquicia mutante y elevaba el género a un nuevo nivel mucho más competitivo y acorde a las nuevas tendencias más atrevidas que estaba sugiriendo el nuevo cine de Marvel Studios. Los X-Men parecían estar en buenas manos con Matthew Vaughn como director pero la agenda de Fox tenía una cita antes de una posible continuación de Primera Generación, la secuela a la rentable pero fallida película de Lobezno.